Aunque no hay una claridad absoluta sobre el nombre de este muelle, se estima que el nombre surge de que la Bahía de las Animas (lugar donde se ubica el muelle) se utilizó como tren de aterrizaje para hidroaviones de marca “Pegasus” en los días en que Cartagena no tenía aeropuerto. De manera que los cartageneros empezaron a llamar al muelle "De los pegasos" hasta que obtuvo su nombre oficial, en 1920 después de su renovación y se colocó una estatua de Pegaso para representar el espíritu de la ciudad.